El siguiente código desactiva todos los checkbox existentes en una página web.
Si deseas hacer lo contrario, solo cambia el valor false a true y listo.
//seleccionamos todos los input
var inputs = document.getElementsByTagName("input");
//recorremos los inputs
for(var i = 0; i < inputs.length; i++) {
//si es checkbox aplicamos el valor
if(inputs[i].type == "checkbox") {
inputs[i].checked = false;
}
}