El siguiente código desactiva todos los checkbox existentes en una página web.
Si deseas hacer lo contrario, solo cambia el valor false a true y listo.
//seleccionamos todos los input var inputs = document.getElementsByTagName("input"); //recorremos los inputs for(var i = 0; i < inputs.length; i++) { //si es checkbox aplicamos el valor if(inputs[i].type == "checkbox") { inputs[i].checked = false; } }