No es bueno para el rendimiento hacer este tipo de consultas ya que las tablas están en bases de datos distintas, pero muchas veces es necesario para el hecho de crear un reporte, o cuando se expande un sistema con nueva tecnología y al final el cliente desea un reporte combinado entre sus sistemas viejos y los nuevos, yo les mostrare una manera de poder lograr un join entre dos bases de datos distintas.
El problema es el siguiente(es hipotético no necesariamente es real solo sirve para el ejemplo), tenemos una base de datos (BD1) con las ventas diarias guardadas en una tabla llamada ventas, se nos pide que sea mostrada la venta y a su lado los datos del domicilio de la tienda, pero nos damos cuenta que no contamos con esos datos, esos datos están en una tabla llamada tienda en una base de datos distinta (BD2), entonces necesitamos hacer un join entre las 2 bases de datos, y para hacerlo debemos tomar a consideración lo siguiente:
Debemos evaluar cual tabla tiene menos registros ya que haremos primero la consulta sobre esa tabla primero y esos datos los tendremos en memoria. En este caso la tabla tienda es la que tiene menos datos (una tienda tiene muchas ventas así que el universo es menor por sentido común). Así que primero vamos por las tiendas de la siguiente forma:

//creamos nuestro contexto de la bd2 ya que ahi esta la tabla tienda
var db2= new entitiesTiendaDB();
//obtenemos las tiendas con una consulta simple de linq
var lstTiendas = from d in db2.tiendas.ToList()
                  select d;

Ahora que a tenemos las tiendas, de la siguiente manera hacemos el join con los datos que ya tenemos en la variable lstTienda:

//creamos el contexto de db1 el cual contiene la tabla ventas
var db = new entitiesVentasDB();

//teniendo un viewmodel llamado VentasViewModel el cual tenga solo los campos que necesitamos creamos la consulta
List<VentasViewModel> lst= from d in db.ventas.ToList()
                          //nuestra tienda se une por el campo codigTienda de lstTiendas y por el mismo campo en
                          //la tabla ventas
                          join t in lstTiendas on d.codigoTienda equals t.codidoTienda into un
                          //esto hace que sea un left join,
                          // si no ponen esto solo les regresara todo como inner join
                          from x in un.DefaultIfEmpty()
                          orderby t.nombreTienda
                     select new VentasViewModel
                      {
                          idTienda = (x!=null) ? x.id : 0, //como hicimos left join podría haber datos nullos y debemos evaluar
                          nombreTienda =(x!=null) ? x.nombre : "",
                          domicilioTienda =(x!=null) ? x.domicilio : "", //asi obtenemos el domicilio
                          codigo = (x!=null )? x.codigoTienda : "",
                          total= d.total //este viene en ventas así que accedo con d
                          subtotal=d.subtotal //igual que arriba

                      };

Y así se hace la magia. Dudas en los comentarios.