Hace poco me toco modificar un proyecto que tenía sin modificarlo algunos años, mi sorpresa fue que al modificar el DataSet se destruyó y todos sus métodos, TableAdapters etc me marcaba como si fueran ambiguos o inexistentes. Después de unas horas sufriendo logre corregirlo de la siguiente manera:
- Eliminar el archivo .xsc y el .xss.
- Excluir él .xsd del proyecto (no eliminarlo, solo excluirlo)
- Volver a incluir el .xsd al proyecto (esto regenera el .xsc y el .xss).
Y listo con esos pasos se restablecerá el DataSet.