Para desactivar un job o activarlo haremos uso de la base de datos msdb, esta base de datos guarda todas las configuraciones y elementos creados en SQL Agent.
Para desactivar un Job debemos enviar el valor 0 y para activarlo debemos enviar el valor 1, y en la siguiente consulta te digo cómo es posible hacerlo por medio del procedimiento almacenado de nombre sp_update_job:
EXEC msdb.dbo.sp_update_job @job_name = N'NombreDelJob', @new_name = N'NombreDelJob', @description = N'Una descripción es opcional', @enabled = 0 ; -- así quedaría inactivo GO