Para conectarse a un puerto distinto al que es por defecto (puerto 1433) en el motor de SQL Server, basta con agregar el puerto en el campo de nombre de servidor (server name) de la siguiente manera:
NombreDelServidor, 12121
El nombre del servidor, ya sea dominio, IP, o nombre de instancia (SERVIDORSQLEXPRESS), seguido de coma y puerto. Por si no queda claro ahí va un ejemplo: si nuestro servidor esta en la ip 211.168.1.100 y el puerto por el cual tenemos que conectarnos es el 12345, sería de la siguiente manera:
211.168.1.100,12345
Y los demas datos (Login, Password) van de la misma manera que si fuera una conexión a el puerto normal.
